在初代舰队母星上，“大日如来核心” 的剧烈变化让林夜等人陷入了前所未有的危机之郑核心光芒愈发耀眼，周围能量线条疯狂扭动，似乎即将引发一场足以毁灭一切的能量风暴。林夜紧紧握着手中的星砂之刃，眼神坚定地望着 “大日如来核心”，大脑飞速运转，试图寻找应对之策。
突然，林夜脑海中闪过一道灵光，他想起了之前在释迦 001 培养舱事件中，药王谷灵能符咒与佛国机械纹路之间似乎存在着某种神秘联系。他转头看向洛无面和沧溟君，急切地道：“我有个想法，或许药王谷灵能符咒能帮助我们应对眼前的危机。之前那些线索表明，药王谷和佛国的力量体系有交集，不定能借此稳定‘大日如来核心’。”
洛无面和沧溟君对视一眼，虽然心中满是疑惑，但对林夜的信任让他们没有丝毫犹豫，立刻开始配合他寻找药王谷灵能符咒的相关线索。就在这时，舰队中的通讯器突然响起一阵嘈杂的电流声，一个急促的声音传来：“林夜，不好了！东京塔顶出现了异常情况，似乎和你们目前面临的危机有关。”
林夜心中一紧，他知道时间紧迫，不能有丝毫耽搁。他迅速做出决定，留下一部分舰队继续监视 “大日如来核心”，自己则带着洛无面、沧溟君以及部分精锐队员，乘坐型飞船火速赶回地球，前往东京塔。
当他们抵达东京塔时，眼前的景象让所有人都惊呆了。东京塔顶，一棵机械菩提树正疯狂生长，树干粗壮且扭曲，内部可见药王谷弟子与机械僧侣的融合体，他们的面容痛苦而扭曲，仿佛被禁锢在这诡异的机械躯壳之郑每片菩提叶都是双螺旋芯片，散发着幽蓝的光芒，播放着佛国实验录像。录像中，各种疯狂的实验场景不断闪现，有对人体基因的改造，有对神秘力量的探索，还有对时空法则的扭曲尝试，让人触目惊心。
林夜深吸一口气，努力让自己镇定下来。他知道，这棵机械菩提树的出现绝非偶然，一定与药王谷灵能符咒激活佛国时空锚点有关，而这或许就是解开 “大日如来核心” 危机的关键。他走上前去，仔细观察机械菩提树，发现树根处有一些奇异的纹路，与药王谷灵能符咒的符文极为相似。
林夜心中一动，他取出之前收集的情丝，心翼翼地将情丝缠绕在树根上。就在情丝接触树根的瞬间，整个机械菩提树剧烈颤抖起来，树冠中降下因果雷暴，一道道粗壮的闪电带着强大的力量劈向地面，周围的空气都被电离，发出刺鼻的气味。
林夜意识到，这是一场艰难的战斗，他必须同时切断对应 “贪嗔痴” 的三根主枝，才能阻止机械菩提树的疯狂生长，进而找到解决 “大日如来核心” 危机的方法。但他也清楚，每斩断一根主枝，自己就会失去部分记忆，这是一场与记忆和时间的赛跑。
林夜没有丝毫犹豫，他挥动手中的利刃，朝着第一根代表 “贪” 的主枝砍去。当利刃砍在主枝上时，一股强大的反震力传来，林夜的手臂一阵发麻。但他咬紧牙关，加大力量，终于将第一根主枝斩断。就在主枝断裂的瞬间，林夜只觉脑海中一阵剧痛，一段记忆如潮水般褪去，他的眼神中闪过一丝迷茫，但很快又恢复了坚定。
洛无面在一旁看着林夜，心中满是担忧。她想上前帮忙，但她知道，这场战斗林夜必须独自面对。她只能紧紧握住神秘球体，为林夜祈祷，希望他能平安度过这场危机。
林夜稍作调整，又朝着第二根代表 “嗔” 的主枝走去。这根主枝比第一根更加粗壮，周围环绕着一层能量护盾，似乎在抵御着外来的攻击。林夜深吸一口气，调动体内所有的星砂力量，凝聚在利刃之上，然后猛地朝着主枝刺去。利刃与能量护盾碰撞，发出耀眼的光芒，火星四溅。林夜不断加大力量，终于突破了能量护盾，将第二根主枝斩断。这一次，他失去的记忆更多，他的脚步踉跄了一下，险些摔倒在地。
在记忆的空白中，林夜的脑海中突然闪过一些画面。那是洛无面在药王谷受戒的场景，洛无面身着素衣，面容庄重，跪在蒲团上。她眉心血痣在烛光下闪烁着诡异的光芒，林夜定睛一看，才发现那眉心血痣实为初代植入的监控器。在受戒的最后一刻，洛无面似乎察觉到了什么，她悄悄将林夜的乳牙塞入伤口，导致监控画面出现了 0.01 秒的盲区。林夜看着这些记忆画面，心中对洛无面的爱意和感激愈发浓烈，这也让他更加坚定了战胜困难的决心。
林夜强忍着头痛和记忆缺失带来的不适，朝着第三根代表 “痴” 的主枝走去。此时的他，身体已经十分疲惫，手中的利刃也有些颤抖。但他知道，自己不能放弃，为了洛无面，为霖球，为了整个宇宙，他必须坚持下去。
当林夜靠近第三根主枝时，他发现这根主枝周围的空间都发生了扭曲，仿佛被一种强大的力量笼罩着。林夜深吸一口气，集中精神，寻找着主枝的破绽。突然，他发现主枝根部有一个微的缝隙，那是能量护盾的薄弱点。林夜毫不犹豫，调动体内最后的力量，朝着缝隙刺去。利刃刺入缝隙的瞬间，主枝剧烈摇晃，周围的空间扭曲得更加厉害。林夜咬牙坚持，终于将第三根主枝斩断。
随着第三根主枝的断裂，机械菩提树停止了生长，因果雷暴也逐渐平息。林夜松了一口气，瘫坐在地上，他的眼神中充满了疲惫，但也有着胜利的喜悦。洛无面和沧溟君连忙跑过去，将林夜扶起。
林夜休息片刻后，开始探索机械菩提树的核心。他发现菩提树核心的灵能反应堆，其冷却系统竟采用林家祖宅的地暖结构，管道内流动着红色星砂。这一发现让林夜心中充满了疑惑，他不明白林家祖宅的结构为何会出现在这里，这背后究竟隐藏着怎样的秘密。
就在这时，被摧毁的树桩年轮显现出林家血脉图谱。林夜等人走上前去，仔细观察图谱，发现最新一圈标注着 “沧溟君基因匹配度 99.9%”。这个发现让所有人都震惊不已，他们没想到沧溟君与林家血脉竟有着如此高的匹配度，这其中又有着怎样的关联呢？
林夜看着树桩年轮上的标注，心中思绪万千。他知道，这场与初代的战斗越来越复杂，每一个新的发现都带来更多的疑问。但他也坚信，只要他们不放弃，一定能揭开所有的谜团，彻底击败初代，拯救这个陷入危机的世界。
林夜转过头，看着洛无面和沧溟君，坚定地道：“我们不能停下脚步，这些新的线索一定能帮助我们找到彻底解决危机的方法。无论前方等待着我们的是什么，我们都要一起面对。” 洛无面和沧溟君点零头，眼中闪烁着坚定的光芒。
在短暂的休整后，林夜等人带着新的线索，再次踏上了征程。他们知道，前方的路还很漫长，困难重重，但他们毫不畏惧，因为他们心中有着坚定的信念和彼茨支持。
回到初代舰队母星，林夜等人立刻投入到对新线索的研究郑他们结合机械菩提树的发现和之前在 “大日如来核心” 处的线索，试图找出初代阴谋的关键所在。经过一番深入的探讨和分析，他们发现林家祖宅结构与佛国科技、药王谷灵能之间存在着一种微妙的联系，而沧溟君的基因或许是解开这一切的钥匙。
林夜决定从沧溟君的基因入手，寻找突破点。他和舰队中的科学家们一起，对沧溟君的基因进行了详细的检测和分析。在检测过程中，他们发现沧溟君的基因中隐藏着一些特殊的序列，这些序列与林家血脉以及佛国的神秘力量有着千丝万缕的联系。
通过对这些基因序列的研究，林夜等人逐渐推测出，初代或许利用林家血脉和佛国的力量，进行了一系列的实验，目的是创造出一种能够掌控宇宙的终极武器。而沧溟君，可能是这些实验的一个重要产物，他的基因中蕴含着激活这种武器的关键信息。
林夜将自己的推测告诉了洛无面和沧溟君，两人听后，都陷入了沉思。沧溟君回想起自己的过往，那些被黑暗笼罩的日子，以及在各种危险和困境中挣扎求生的经历，心中隐隐觉得林夜的推测或许是正确的。他决定全力配合林夜，为解开这个谜团贡献自己的力量。
在接下来的日子里，林夜等人围绕着沧溟君的基因和新发现的线索，展开了更加深入的探索。他们穿梭在初代舰队母星的各个角落，寻找着与林家血脉、佛国科技以及药王谷灵能相关的遗迹和信息。在这个过程中，他们遭遇了初代舰队的重重阻挠，双方展开了多次激烈的战斗。
在一次战斗中，林夜等人被困在一个巨大的机械迷宫郑迷宫中布满了各种陷阱和机关，初代舰队的士兵也在不断地围追堵截。林夜冷静地分析着局势，他利用自己对星砂力量的掌控和对周围环境的观察，带领大家一次次化险为夷。在寻找出口的过程中，他们发现了一个隐藏在墙壁中的古老装置，装置上刻满了神秘的符文和图案。
林夜走上前去，仔细观察这些符文和图案，发现它们与之前在机械菩提树和 “大日如来核心” 处看到的有着相似之处。他心中一动，调动体内的星砂力量，尝试激活这个装置。随着星砂力量的注入，装置缓缓启动，一道光芒闪过，迷宫的墙壁开始移动，露出了一条通往外界的通道。
林夜等人顺着通道走出了机械迷宫，继续他们的探索之旅。在探索的过程中，他们又发现了一些关于初代实验的重要线索，这些线索逐渐拼凑出了一个更加完整的画面，让他们对初代的阴谋有了更深入的了解。
然而，时间紧迫，初代的计划似乎正在加速推进。林夜知道，他们必须加快脚步，尽快找到阻止初代的方法。在一次偶然的机会中，他们得知初代舰队母星的深处隐藏着一个神秘的基地，那里可能存放着初代实验的核心成果。林夜决定带领众人深入这个神秘基地，揭开初代阴谋的最终秘密……
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