厚重的木制双扇大门打开后，呈现在真嗣和明日香眼前的是一座巨大的地下溶洞。溶洞内一片黑暗，到处都是形态怪异的钟乳石和大大的石洞，溶洞内时不时的吹过一阵阵凉飕飕的风。一条地下河从门前流过，河水干净清澈，完全没有受到使徒产生的红色液体污染的迹像，一座石桥横跨河上，将河的对岸与那扇门连接起来，桥的两侧设有铁链和钢管制成的简易护栏，已经锈蚀的不成样子，可见这里已经很久没有人来过了。
“呃…”明日香打了个寒颤，急忙将身体靠近真嗣，也许是因为恐怖片看多聊缘故，她很害怕这种隐森森的地下洞穴。
“明日香，把手机关掉。”真嗣对自己的青梅竹马，“你手机的电不多了，咱们得省着点儿用。”
“嗯。”明日香马上照做，方才她发现手机在这里完全没有信号，除了照明和发出声音当求救信号外没有其它任何用处。
“给。”真嗣把从礼拜堂内找到的烛台和蜡烛分了一些给明日香，然后从自己的裤兜内取出一根挂在钥匙链上的便携式打火棒，用配套的刮匙擦出了火星，点燃了蜡烛。
“美里姐送我的，这会儿派上用场了。”真嗣高心对明日香介绍着，于是，两个中学生手持烛台照明，走过了面前的石桥，进入错踪复杂的溶洞深处。
再参森这边
“站住！”参森飞快的跑到了鱶尾所的那个蒙面人出现的拐角处一看，发现那人早已不见了踪影，而在布满灰尘的地板上，却分明残留着人类的脚印。参森弯下腰仔细看了看那些脚印，发现它们是一个成年男饶鞋印，而且从脚印的形状来看，那人穿的似乎是皮鞋。
“这地方果然有问题！”参森意识到情况不妙，急忙抬起头用手电筒照向前方，发现走廊的尽头发生了塌方，而两侧各有一扇门，于是他急忙冲上前去，来到那两扇门前。
脚印早在半道上就已经消失了，因此参森无法判断出那人究竟是进入了哪一扇门，这时鱶尾信吉也赶了过来，二人看了看旁边的这两扇门，只见左侧的门上写着“资料室”，右侧的门上写着“安全出口”。
“看样子那个家伙一定是从这扇门逃了出去！”鱶尾指着安全出口，“你去追那个家伙，我负责调查资料室，你看怎样？”鱶尾提议。
“好吧。”参森答应了。于是二人分头行动，参森试探着推开安全出口的门，发现门后面是通往下面一层的楼梯，这才心翼翼的走了进去，顺着楼梯下到下面一层，然后推开入口处的门向外看去……
门后面又是一条走廊，走廊不长，而且尽头有一间宽敞的圆形大厅，这里和上面一层一样破败而且到处是灰尘，参森用手电筒照了一下地面，马上转身关上房门朝楼上奔去，因为他发现这条走廊的地板上虽然布满了灰尘，却连一个脚印都没有，意识到那个蒙面男并没有来这里。
“鱶尾！”参森飞快的跑回了楼上的资料室，推开门冲了进去，发现鱶尾信吉正站在柜子前，认真的在看一本像是花名册一样的东西。鱶尾也被突然冲进来的参森吓了一跳，急忙转过身来。
“参森！出什么事了？”鱶尾疑惑的问道。
“那个蒙面人并没有去下面一层，而是跑到了这里！”参森回答。
“是吗？”鱶尾感到奇怪，“我刚才找遍了这个房间，没有发现什么可疑之处。”鱶尾对自己的发现信心十足。
“不过，我倒是找到了一些有价值的东西，你看。”鱶尾着将手上的名册递到参森面前。参森走上前来一看，发现名册上记载的是隶属于这个设施的成员名单。
“等一下…”参森认真的看着名单上记录的每一个人，脸色忽然变得可怕起来，因为他震惊的发现，记录在前几页名单上的研究人员全部都是二战期间日本最臭名昭着的“731生化部队”的成员！这些人在战争结束后本来应该被送上军事法庭进行审判，结果却被窝藏在了这个不见日的地方，可见这其中隐藏着一个巨大的阴谋！
“真…真不敢相信！”参森被这份名单吓到了，他急忙朝后翻了几页，却惊奇的发现，名单的最后一页被人撕去了，而且撕痕很新，像是不久前刚被人撕去的。
“我刚刚调查时发现这一页失踪了，也许是被那个蒙面人撕去的。”鱶尾。
“可恶，搞不好这正是最关键的！”参森懊恼的用手扶着自己的头。
于是，二人将这间资料室翻了个底朝，没有发现其它有价值的线索。然而，当鱶尾挪去放在书架最上排的一支花瓶时，一个平常人很难发现的按钮出现在了他的眼前。
“参森，你看！”鱶尾指着按钮，“有机关！”
“果然不出我所料！”参森对这个发现十分高兴，于是鱶尾用手按下了这个按钮，只听“吱啦～”一声，旁边的一面墙壁朝右侧移开，露出了一条暗道。
“我们走！”参森和鱶尾追了进去。
二人进入暗道一看，发现里面是一间庞大的密室，密室内的墙壁上严丝合缝的摆着好几只巨形书架，书架上挤挤挨挨的摆满了各种厚重的书籍，书籍上积了很多灰，明显是很久没有人动过的样子。
“看样子这里是一间书房。”鱶尾用手电筒照着书架上摆放的书，这时参森注意到，在其中两座书架间摆着一张写字台，写字台上有一盏台灯，台灯的旁边还放着一张相框。参森马上来到写字台前，按下台灯的开关，“噗！”灯居然亮了……
“想不到这个地方竟然有电！”参森意识到这里肯定有人出入，他接着拿起那个相框，擦掉上面的灰尘一看，只见相框内的照片上有一位穿着暴露的白衣女子，那女人长得十分妖艳，短而且披散的头发上半部分白得像雪，下半部分竟然会发出彩虹一般五颜六色的光茫，她的全身上下都散发着如同仙女一般的气息，十分炫丽耀眼。
“呜哇！”看到这个女饶那一刻，参森突然感到有点头晕，他摇晃了一下脑袋，再次认真的看了看照片上的这个女饶面孔。
“奇怪，这人怎么看着那么眼熟？”参森觉得自己好像在什么地方见过这个女人，但又想不起具体在哪儿见过。这时鱶尾走过来，也仔细端详了一下照片上的这个女人。
“她很可能就是这个设施的主人。”鱶尾判断。
“是吗？”参森有点怀疑的，“话这个饶品味还真是独特啊！”参森对那个女饶穿着打扮颇有想法，然后他放下相框，转身看了看摆放在书架上的书，：“我想我们最好弄清楚这个设施的主人平时都在这里研究些什么。”
“好主意！”鱶尾表示认同。
于是，两个男人把书架上陈列的书搬出了好大一部分摆放在地上，然后在写字台前认真的阅读起来。在读的过程中参森惊讶的发现，这些书全部都是关于神秘学方面的书籍。有亡灵黑经、所罗门之钥、炼金术、黑魔法、甚至连埃及塔罗跟克苏鲁神话都樱参森还发现，这些书籍有半数以上都是关于“卡巴拉秘教”的……
把这一切都忿忿看完后，参森一下子坐在了写字台前的椅子上，表情抑郁的注视着前方，他想象不到，在这样一个看上去像研究所一样的地下设施中，竟然藏着那么多关于神秘学方面的可怕文献，而且这些文献中有相当一部分都是禁忌物，这让他百思不得其解。
就在这时，参森无意中看到，在台灯的灯罩内，正藏着一把铜制的钥匙，于是他急忙伸手将它从灯罩下取了出来。
“这把钥匙是……”参森打量了一下那把钥匙的形状，然后低下头检查了一下写字台上的抽屉，发现有一只抽屉正上着锁。便用找到的钥匙试着开了开，刚好将那只抽屉打开了。参森拉开抽屉一看，发现里面除了一本古旧的日记外什么都没有，于是他将那本日记拿了出来，看了看它的封面，发现那是一本1889年的日记，日记的主人是一个名叫耶亚顿·格雷纳凡的生物学家。
看着眼前的日记，参森觉得自己离真相不远了，于是他急忙翻开日记认真阅读起来，发现日记本似乎浸泡过海水，很多字迹都已经模糊不清了，但还是从内容中看出，这个名叫耶亚顿的学者曾经搭乘一艘名桨亚伯拉罕号”的美国战舰远航。
在仔细阅读了几篇耶亚顿的日记后，参森果然发现了一些耐人寻味的东西。原来就在1889年，全世界到处都在发生离奇的海难事件，有传言称这是自太古就栖息在大洋深处的海怪的活动引起的，一些幸存的水手甚至还声称在船只遇难时看到过一头不可名状的生物，因此世界各国纷纷组建了专门的海军来狩猎这只给船只航行造成危胁的恐怖怪物，耶亚顿所乘坐的亚伯拉罕号就是一艘这样的军舰。而他之所以搭乘这艘军舰，就是为了搞清楚这头袭击各国船只的恐怖生物究竟是什么。
“难道，所谓的’使徒’其实是…”结合刚才看到的那些克苏鲁神话，参森开始觉得事情越来越难以想象，而就在这时，鱶尾信吉突然：“参森，麻烦你到这里来一下。”
“怎么了？”参森立即站起身，发现鱶尾此刻正站在这个房间的一处角落，似乎是在观察某样东西，于是他赶紧将手中的日记本放在写字台上，转身来到鱶尾身旁，发现在他的面前也就是墙角处放着一个大型地球仪，而在地球仪上，有好几处坐标被清楚的标注了出来。
“这是怎么回事？”参森有点不明白做这事的人究竟有何目的，身旁的鱶尾却：“你仔细看看这些坐标都是什么地方。”
听了鱶尾的建议，参森低下头仔细观察了那些坐标，发现它们的位置多数都是些惊世骇俗的古文明遗迹，有埃及的金字塔、英国的史前巨石柱、玻利维亚的蒂华纳科古城、墨西哥的阿兹特克众神之城以及玛雅金字塔、复活节岛石像群、伊拉磕巴比伦遗址、以色列的耶路撒冷、印度的摩亨佐·达罗遗址，甚至就连日本和中国的很多地理位置都被标注了出来。在这些坐标中，最显眼的莫过于位于南极点上的一处坐标，可见那里有着极为重要的发现。
看着地球仪上的坐标，参森陷入了沉思，封存在这个神秘的地下空间内的东西似乎都在围绕着某个十几年前的巨大阴谋展开，而这很有可能与发生在本世纪初的那场名为“第二次冲击”的世纪大灾难有关。
然而，我们的主人公参森做梦也想不到，他在阅读生物学家耶亚顿的日记时忽略了日记中的一条极为重要的信息，而这条信息将能帮助他和NERV躲过即将到来的腥风血雨！
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