朱有孝头疼的财政问题还没有结果，又一个事情出来了，兵部右侍郎兼右佥都御史熊廷弼被囚车押送回京，历史上这个事情大概就发生在这个时候，朱由校措手不及吃了大亏。
熊廷弼，少时家境贫寒，放牛读书，刻苦强记。万历二十五年乡试第一，次年中举人。《明史》称其“有胆知兵，善左右射”，“性刚负气，好谩骂，不为人下，物情以故不甚附。”这是在明朝晚期不可多见的有文化的军事家，这饶短处就是不通人情世故，曾经几起几落，但是就是改不了自己的性子，也许这就是他的宿命。但是现在的朱有孝已经不是历史上的那个朱由校了，熊廷弼的命运再也不会像历史上那样几起几落了。
今又是早朝的日子，朱有孝又一次坐到了龙椅之上。
群臣参见已毕，王安喊道：“诸位群臣，有事早奏，无事退朝。”
这时御史冯三元出班奏道：“臣，冯三元上疏弹劾熊廷弼，熊廷弼在辽东假名增税，勒索百姓致使百姓怨声载道，声言筑城御敌，实是畏敌如虎，不敢主动出兵，误国误君，请求皇上治罪。”
“臣，姚宗文附议，熊廷弼经略辽东，不但没有收复失地寸土，而且徒耗国帑筑城修墙。臣曾经在辽东劳军，深知熊廷弼为人粗暴、性情怪异，经常无故呵骂下属。而且常借出外巡视之名，实则勒索当地百姓。臣请陛下立刻押解下狱，彻查此人。”
“臣，顾慥附议。熊廷弼罪不可赦，不杀不足以平民愤，请陛下下旨严惩。”
“臣，杨涟持异议，熊廷弼虽无大功，但巡视辽东亦未失寸土，仅以御史之言，尚书之语，就治其大罪，臣认为不妥，请陛下三思。”
朱有孝现在恨不得立刻下旨杀了冯三元、姚宗文、顾慥三人，就是因为这三个人熊廷弼被撤，接下来连连丢失沈阳、辽阳。但是御史就有闻风而奏的权利，你要是今打了、杀了他，明他就出名了，皇帝就成了昏君，既然有人告状，那就得查啊。
朱有孝压住心中的怒火道：“着东厂提督宋晋，立刻收押熊廷弼入内监，但不得动刑，请给事中杨涟负责询问事情原委，但不得动用刑具。”
其实朱有孝这道口谕有点不伦不类，这件事本应该由刑部审理，其他人不得干预才对，可是朱有孝要保护熊廷弼，但又不能让别人出借口来，而东厂反正名声也不好，而且也有审讯的权利，甚至看起来比刑部审讯更有力度。因此，这三位弹劾的家伙只能叫皇上圣明了。
现在唯一郁闷的就是杨涟了，自己多了一句嘴，结果和声名狼藉的东厂搀和到一块了，自己还是负责人，这东厂都是些什么人，自己能指使得动么?但是杨涟是非常聪明的，瞬间几乎就明白了朱有孝的意图，这就是把公事变成皇帝自己处理的私事了。
朱有孝接下来就问道：“既然辽东经络熊廷弼被押，何人可代替熊廷弼经略辽东呢？这样吧，朕推荐一人吧。他就是翰林院侍讲，先帝的老师孙承宗。”
朱有孝不等群臣反应过来，就接着道：“拟旨，封翰林院侍讲孙承宗为兵部右侍郎兼右佥都御史，授帝师称号，加太子少保，赐尚方剑，代朕巡视辽东。”
为什么朱有孝对此事这么快定夺呢，他就怕等下东林党人提出袁应泰来，这样就不好办了。他知道在历史上就是袁应泰接的熊廷弼，就在启元年三月丢失了辽东的沈阳、辽阳，袁应泰自杀，总兵官尤世功、贺世贤战死。袁应泰并非是个废物，也是个人才，但是他的才能并不在于军事策略，他的能力表现在经济和后勤保障上，所以辽东失利的责任并不在他，而在于朝廷之上。
接下来，首辅方从哲、次辅韩爌一致推荐朱国祚担任户部尚书。朱国祚，朱有孝也知道此人，此人影六部尚书”之称。因为万历皇帝多年不上朝致使官员缺额严重，南京的六部尚书就只有一个朱国祚在支撑着。
散朝后，群臣都向外走，这时王安喊道：“杨大人慢行，陛下召您到内廷议事。”
杨涟一愣，心肯定是熊廷弼的事，于是就跟着王安进了朱有孝的书房。进门一看，只见东厂提督宋晋也在这里候着，就肯定了心中的疑惑。
朱有孝换了便装进来道：“给杨大人赐座。”
王安就给杨涟搬过来一个秀墩，“不敢劳驾公公。”杨涟客气道，随着微微坐下半个屁股。王安随后出去，屋里面就剩下朱有孝、杨涟、宋晋三人。
朱有孝道：“我今之所以把你二人叫来，想必二位也知道缘由。今早朝，冯三元突然弹劾熊廷弼，而辽东总督杨渊自作主张逮捕熊廷弼，这里面肯定有什么不对的地方。杨涟你的任务就是悄悄的把熊廷弼接出来，安置到朕的皇庄，你告诉他，朕不会让他受冤枉的，会给他一个公道。宋晋，你的任务是，其一不能让任何人知道熊廷弼已经放出，协助杨大人秘密送出熊廷弼；其二秘密调查冯三元、姚宗文、顾慥三人在京的所有家庭财产、人事交往动向。这些事情非常机密，一旦泄露二位知道这意味着什么。”
“臣，（奴才)遵旨，倘若泄密臣（奴才）必以死谢罪。”二人同声应道。
与此同时，在北京城里一个简陋的胡同口，停下一乘轿，从轿里下来的正是吏部尚书周嘉谟，周嘉谟进入一个普通的院，里面走出一位老者，只见此人相貌奇伟，“铁面剑眉，须髯戟张”。
“恭喜孙大人。”周嘉谟进门先道喜。“今是要来讨杯酒喝的。”
就在这时只听门外一片喧闹，门口进来一公公，张口问道：“赎咱家眼拙，那位是孙承宗大人？”
孙承宗道：“下官就是孙承宗。”
那公公道：“孙承宗接旨。奉承运，皇帝诏曰：孙承宗进士出身，素有才干；曾为帝师，自作表范；今关东有变，特敕封为帝师，加太子少保，任命为兵部右侍郎兼右佥都御史，赐尚方宝剑，代朕巡视辽东，以镇宵。钦此。”
“谢主隆恩，臣必不负陛下的恩典，鞠躬尽瘁死而后已。”孙承宗跪倒接旨，内心非常激动。也是啊，谁不盼着这官越做越大呀。
随后孙承宗跟着太监进宫谢恩，朱有孝就在书房和孙承宗进行了被史称为“隆中对”的谈话。从此君臣二人合作，开辟了大明朝的新地。
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