由于之前内阁辅臣杨景辰、刑部右侍郎苏茂相和礼部左侍郎蔡毅中等病逝还未任命新官员，以及江南乱党案的影响，导致朝廷中枢出现多个空缺，于是朱由校就顺手调整朝廷中枢职位架构：
勒令内阁辅臣来宗道、右都御史解学龙、刑部尚书薛贞、刑部左侍郎乔允升、吏部左侍郎周应秋致仕归乡；
迁北直隶巡抚钱龙锡为刑部尚书，入阁参预机务；
迁兵部右侍郎黄道周为礼部左侍郎；
迁太仆寺少卿侯恂为吏部左侍郎；
迁户部右侍郎毕懋良为刑部左侍郎；
任命左副都御史王绍徽巡抚北直隶；
任命阎鸣泰为兵部右侍郎；
破格提拔王润珠为户部右侍郎，他是成化年间着名数学家王文素的后人，还是戊辰年算科进士第二名，与华三省同为满分高中；
破格提拔宋惠牧为刑部右侍郎，他是宋代着名官员宋慈的后代，原本是安庆知府安上达属下推官，被叛军囚禁，为锦衣卫所救。
朝中大量大官员职位变动，一批受到江南乱党案影响的官员也随之落马，朝廷中江南士绅和文官集团势力受到巨大限制。
朱由校也开始酝酿财税制度和工部架构的改革，但这必将是一个艰难且漫长的过程，不可能一步到位。
朱由校把在山东和北直隶已经施行落实到基层的“摊丁入亩”制度全面推开，并首先在南直隶和浙江施邪官绅一体当差纳粮”及“火耗归公”制度。
考虑到明代官员俸禄太低，官员生活困窘，很容易造成贪污腐败的现象。朱由校直接废除太祖朱元璋祖制中对官员俸禄的规定，制定施行新的俸禄制度，大幅度提高官员待遇。
基本俸禄上，全面提高各等级官员的月俸，一至三品官提高一倍，四至六品官提高二倍，七至九品官提高三倍；
各等级官员在职时可在皇庄中获得职田，可以自耕或出租，致仕时收回；
仿照后世的退休养老制度创立针对官员和官府当差人员的“养老金”；
在张居正制定的“考成法”的基础上，建立“绩效法”给予补充完善。如果朝廷官员未能完成皇帝下达的任务、达成目标，会受到训斥、罚俸、贬谪甚至下狱的惩罚，反之，能正常完成甚至超额完成的则有相应的荣誉、津贴、升迁等作为奖励。
前期为了安抚流民，朝廷主要实行了几大举措：
第一是招募流民中的精壮人员组建新军补充兵源；
第二是积极兴修水利、大规模建设基础设施，招募流民作为工匠劳力，以工代赈；
第三是迁移流民垦荒屯田。从启九年七月开始，朝廷就组织船只每个月定时定量向台湾运送流民。己巳战役后为了建设、巩固辽南，又从山东和北直隶迁移了一大批流民；
第四是平定河南农民起义后，朝廷重新掌控了河南地方，就使河南籍流民返回故土。而许多地方因为战火等原因造成十室九空，土地变成无主之地，收回朝廷所有，朝廷就迁移了一些陕西流落过来的流民使他们安居在这些土地上；
但这些远远不够，多年的灾饥荒，使得整个陕西土地荒芜，人民流散，以上措施虽然可以缓解流民问题，但在平定江南叛乱的过程中，又催生了更多因战乱破产逃亡的流民。
于是，在抄获江南巨额财富之后，朱由校决定将“以工代赈”扩大化，下诏征募百万劳力进行几项庞大的工程：
第一是展开大运河工程，对京杭运河主河道挖掘清淤，疏浚修复部分年久废弃的辅助河道；
第二是展开两京高速工程，修筑一条从北京直达南京的宽阔水泥路，并在沿途各州府之间的官道上也进行拓宽，铺上水泥；
第三是展开开海工程，拿出工部前期的规划图，从北京到南直隶沿海修建数十个大港口码头，大力支持海上贸易的发展。
以上工程的开展不仅能安抚流民、稳定人心、恢复生产、重建秩序，而且还能迅速把从江南士绅那里获取的巨额财富花销掉，使大量白银重新流通到民间，农民生活开始好转，百姓对朝廷的信心和支持得以逆转。
江南乱党案后，王永光主政南京，朝廷强力掌控江南，“海禁”全面废除，海贸发展的障碍被扫除。
王永光借鉴完善了南居仁在浙江实施的海关税收和颁发造船许可的办法，快速在南直隶建立起海关，收取海税。南方沿海各省海关在旧有市舶司的基础上也很快就建立起来。
海贸巨额利润的吸引，朝廷政策的支持，国内生产生活的困窘，对未知世界的好奇，对发家致富的向往，不断驱使着沿海的人奔向海洋，让大明百姓对出海趋之若鹜。东南沿海的海上贸易、修造船业、养殖渔业等等犹如雨后春笋，突然间就爆发出极强的活力，蓬勃发展。
舟山岛船务工程的开展本就是为了建立东海水师，然后附带的才是激起民间造船业。叛乱的发生使得工程中断，东海水师这两年多来也只能憋屈地使用那些从各处水寨征调募集来的破旧船只，空有水师的名头，却没有水师的规模和威势。
叛乱平定，朝廷支持，资金充盈，人力丰足，技术雄厚，市场前景广阔，还靠近原料产地。
时地利人和集于一身，舟山岛船务工程全面复苏，并且规模较原规划还要翻上一番！
王永光在南京颁发出了数以百计的造船许可，官营、民营造船厂遍地开花，船家、商人纷至沓来，造船订单激增。以至于到后面舟山岛的官营造船厂为了完成东海水师战船的建造，就只承接大型海船的建造订单，将型船只和内河船只的订单全部推到民间，间接地推动民间造船业发展。
而华夏劳动人民的智慧是无穷无尽的，在无数订单的支持下，有了无数次试验试错改进的机会，设计水平极速提高，船匠们的制造技艺不断进步，打造出的船只也越来越先进。
仅在江南叛乱平定的两年后，也就是启十二年九月，南直隶常州府一家民营造船厂就设计打造出了一种后世两百多年后才出现的船型——飞剪船。
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